Nicht nur das Laufmittel, die Art der Auftragung und die Probenvorbereitung sind Kriterien für eine erfolgreiche Dünnschichtchromatographie (DC). Auch die Wahl der richtigen DC-Schicht trägt maßgeblich zur Qualität bei. Die Auswahl hierbei ist groß, sodass im Folgenden einige Hilfestellungen gegeben werden:
Eingehend ist zusagen, dass die DC ebenso wie die HPLC als Normalphasen- oder Umkehrphasensystem verwendet werden kann. Bei Normalphasen ist die gängigste stationäre Phase das Kieselgel. Seine Stabilität über einen weiten pH-Bereich und die hohe Selektivität mit einer großen Anzahl an verschiedenen Lösungsmitteln ermöglicht einen großen Einsatzbereich. Die Normalphasen-DC wird hauptsächlich für adsorptionschromatographische Auftrennungen verwendet.
Für die Umkehrphasen-DC ist das Angebot an stationären Phasen breiter: Neben dem Kieselgel als polare Phase können auch unpolare Phasen wie RP-18 oder mittelpolare Phasen wie RP-2 oder Aminopropyl-, oder Cyanopropylphasen verwendet werden. Bezüglich der Kieselgelplatten sollte im Allgemeinen auf eine vorherige Aktivierung verzichtet werde, insofern nicht danach verlangt ist. Dies führt zu einem Ausgangszustand, der die Reproduzierbarkeit der Ergebnisse einschränkt.
Neben den oben genannten Phasen bietet Lichrospher eine weitere Möglichkeit. Die kugelförmige Gestalt der 5 µm kleinen Partikel ermöglicht eine extrem hohe Trennqualität bei verkürzter Laufzeit. Für quantitative Arbeiten sind daher Lichrospher-Si-60-Schichten zu empfehlen.